Proje üretimi ve yönetimi programı, BİLSEM'lerde son aşamada yer alan ve özel yetenekleri geliştirme programını tamamlayan öğrencilerin ilgi, merak, istek ve yetenekleri doğrultusunda herhangi bir alanda grup çalışması içinde ya da bireysel olarak yürütülen eğitim programıdır. BİLSEM'lerde özel yetenekli öğrencilerin sahip olduğu yeteneklerin erken yaşta keşfedilmesi ile birlikte kendilerine düşünme becerileri de kazandırılmaktadır.
Öğrencilerin aynı zamanda bireysel ve grupla çalışma becerilerinin de geliştirilmesi sağlanarak ilgi ve yeteneklerine uygun proje üretme eğitimleri de verilmektedir. Proje üretimi ve yönetimi programına devam eden öğrenciler, her eğitim öğretim yılında en az bir proje hazırlamaktadır. Öğrencilerin gerçekleştirmek istedikleri proje konularına, danışman öğretmenleri ile birlikte karar verilip gerçekleştirilmektedir. Proje konusunun seçim sürecinde öğrencinin özel yetenekleri geliştirme programı eğitimleri esnasında yetkinlik kazandığı alan öncelikli olmak üzere farklı alanlar da tercih edilip yönlendirme yapılabilmektedir. Bu hususta her türlü üretim, bilimsel çalışmalar ya da sanat etkinlikleri projelendirilebilmektedir. Proje üretimi ve yöne- timi programı kapsamında yürütülen etkinliklerde öğrenciler, öğretmenler tarafından bilgi aktarımından çok belirlenmiş olan projeler doğrultusunda çalışmalar yapmaları için yönlendirilmektedir.
Danışman öğretmen tarafından gerçekleştirilecek projeye ait öneri formu ve en az bir ilerleme ya da gelişme raporu BİLSEM için tasarlanmış olan BİLSEM modülü üzerinden doldurulmaktadır. Herhangi bir durum sebebi ile öğrencinin proje üretimi ve yönetimi programı süreci içinde bir eğitim öğretim yılı için üretmesi gereken projeyi gerçekleştirememesi hâlinde sorumlu olan danışman öğretmen tarafından projenin gerçekleşmeme nedenleri yazılı rapor hâlinde öğretmenler kuruluna sunulmaktadır.
Gerçekleştirilen projeler için BİLSEM müdürlükleri, proje çalışmaları sırasında ortaya çıkan her türlü özgün fikrin sahiplik hakkının saklanabilir hâle getirilmesi için patent, faydalı model, marka ve tasarım başvuru süreçlerine ilişkin işlemleri gerçekleştirmektedir. Projelere mali ve teknik destek Milli Eğitim Bakanlığınca sağlanabildiği gibi, BİLSEM müdürlükleri de kendi bütçeleri ve projeler ile ilgili olan kurumların sağladıkları imkânlar doğrultusunda projeleri gerçekleştirilebilmektedir. Buna ek olarak tamamlanan projelerin bilgi girişleri proje sahibi öğrenci ve proje danışmanı öğretmen sorumluluğunda BİLSEM modülü üzerinden yapılmaktadır. Proje yazımı Genel Müdürlük tarafından yayımlanan BİLSEM Proje Yazım Kılavuzu'na göre gerçekleştirilmekte olup proje hazırlayan öğrenci tarafından jüri önünde savunulmaktadır. Eğer bu süreçte öğrenciye ait olan proje için düzeltme kararı verilmiş ise öğrenci, projesini en geç üç ay içinde istenen düzeltmeleri yaparak aynı jüri tarafından değerlendirilmek üzere tekrar savunabilmektedir. Onaylanmış olan projelerin bir nüshası BİLSEM idaresince jüri onayını içeren ıslak imzalı belge ile birlikte Özel Eğitim ve Rehberlik Hizmetleri Genel Müdürlüğüne iletilmektedir. Jüri tarafından patent potansiyeline uygun görülen projelerin başvuruları bizzat Genel Müdürlük tarafından gerçekleştirilmektedir.