Destek eğitim programı, BİLSEM'lerde ikinci aşamada yer alan programa verilen isimdir. Bu eğitim programına, uyum programını tamamlamış olan genel zihinsel yetenek alanından tanılanan öğrenciler geçmektedir. Bu program, öğrencilerde geliştirilmesi gereken en temel becerilerin tüm alan ya da disiplinlerle ilişkilendirilmesini esas alan eğitim programı etkinliklerini kapsamaktadır.
Destek eğitim programında kazandırılması gereken başlıca beceriler: iş birliği, iletişim, öğrenmeyi öğrenme, grupla çalışma, bilimsel araştırma, girişimcilik, problem çözme, eleştirel ve yaratıcı düşünme, etkili karar verme, teknoloji okuryazarlığı, kaynakları etkin kullanma, sosyal sorumluluk vb. olarak belirtilebilir. Öğretim programları, BİLSEM yönergesinde belirtilen öğretmenler tarafından uygulanır. Destek eğitim programı sürecinde, öğrencilerle bireysel ya da grup olarak iş birliği içinde proje hazırlama çalışmalarına adım atılabilmektedir.
Destek eğitim programı, 2 ve 3. sınıfta BİLSEM'lere kayıt yaptıran öğrenciler için, ilk yılı sınıf öğretmenlerine öncelik verecek şekilde ve uyum programı süresi dâhil, en az 2 eğitim öğretim yılı olacak şekilde planlanıp uygulanmaktadır. (MEB, 2020). Özel yetenekli öğrencilerin sahip olduğu yeteneklerin erken dönemde keşfedilip eğitilmesi, bu çocukların bireysel mutluluğu ve aynı zamanda toplumsal yaşam standartları bakımından olumlu bir ivme kazanmaları açısından önem taşımaktadır (Hökelekli ve Gündüz, 2004). Dördüncü sınıfta BİLSEM'de öğrenim görmeye hak kazanıp kayıt yaptıran öğrenciler için sınıf ya da branş öğretmenleri tarafından uygulanmak üzere uyum eğitim programı süresi de dâhil edilerek toplam 1 eğitim ve öğretim yılı olacak şekilde planlanıp uygulanmaktadır. Bu sürecin sonucunda ise öğrencilerin bireysel yetenekleri fark ettirme eğitim programına geçişleri sağlanmaktadır (MEB, 2020).
